1号线，即南北线，共长24.8公里，由小行至新生圩和火车南站至安德门。线路为主城区中轴主干线，穿越市中心并向西端工业区放射。

　　2号线，即东西线，长约25公里，主城区内长约17.3公里，由河西经北河口、汉中门大街、汉中路、中山东路、宁杭公路至仙西，为主城东西向主干线。途经北河口、汉中门大街、汉中路、中山东路、宁杭公路。

　　3号线长18.6公里，由西站经中山北路、鼓楼、北京东路、御道街、明故宫、光华门、卡子门至宁溧路，斜穿主城区西北部，两端向东山和浦口方向放射。

　　4号线长25.8公里，由沙洲经江东南路、江东北路、热河路、南京西站、建宁路、南京站、宁镇公路、仙鹤门。至仙西，为主城区西侧和北侧的交通走廊，把新城区和西北部旧城区联系起来。

　　5号线长19.1公里，由宁南小区经龙蟠中路、锁金村、南京站、中央门、中央北路至上元门，为南北向另一条主干线，通过中心区，把江北和城南地区联系起来。

　　6号线长23.8公里，由沧波门经纬六路、光华门、夫子庙、水西门、虎踞路、察哈尔路、中央北路、迈皋桥至尧化门，为市中心的一条U形线，把中心区和周围的客流点联系起来，提高线网密度和服务水平。